“微生物肥料”，俗稱菌肥，字面意思是含有有益微生物群落的肥料。主要是通過它所含的大量有益微生物來實現菌肥的功能。

從菌肥和有機肥的作用機理來說。菌肥實際上是一組微生物群體，可以為特定的作物提供有利于作物生長的微生物群落。首先要明白，微生物肥料并不直接為作物提供養分，菌肥是通過微生物的活動為作物增加養分以促進生長。以多孢菌的解磷作用為例，多孢菌產生有機酸(氨基酸、草酸等。)通過代謝活動。這些酸不僅能直接溶解土壤中的不溶性磷酸鹽，還能從難溶性無機磷灰石中釋放出正磷酸鹽。有機肥直接給農作物提供營養元素。有機肥通過在土壤中的不斷礦化，可以長期為作物提供多種養分和活性物質

我們從功能上看一下菌肥和有機肥的區別。微生物肥料有幾個主要作用，包括增加土壤肥力，控制有害微生物，促進植物生長，提高作物品質。以多孢菌為例來講這四種作用是：1.多孢菌進入土壤后，能分解固化的無機鹽，使之成為植物可以吸收利用的養分，從而降低含鹽量，消除土壤板結，促進土壤團粒結構的形成，提高土壤的保水保肥能力，從而增加土壤肥力；2.多孢菌在生長過程中能代謝和分泌細菌素(枯草菌素、多粘菌素、幾丁質等。)、脂肽類化合物、有機酸等。這些代謝產物能有效控制病原菌的生長或溶解病原菌，從而將其消滅 3.在適宜的培養條件下，多孢菌菌株產生的具有促進作物生長功能的活性物質包括赤霉素、吲哚乙酸等。4.多孢菌可以增加農產品中的有效營養成分，如面粉中的面筋含量、不同大豆中的油脂含量、蔬菜和水果中的維生素和糖含量等，從而提高農作物的品質。

有機肥的作用在于營養比較全，肥效均衡穩定。有機肥可以活化土壤酶活性，促進根系發育。有機肥還能為土壤微生物活動提供能量和養料，促進微生物活動，加速有機質分解，產生能促進作物生長和提高農產品品質的活性物質。