狹義的生物肥料是通過微生物的活動使農作物特定的肥料產品，也稱為菌肥。廣義的生物肥料不僅含有作物所需的營養元素，還含有微生物的制品是生物、有機和無機的結合。它們可以代替化肥，提供農作物生長發育所需的各種營養元素。生物肥料可以根據其作用來劃分：生物固氮菌(如根瘤菌)；分解土壤的有機物菌劑(有機磷細菌肥、綜合細菌肥；分解土壤中難溶性礦物質的菌劑(硅酸鹽細菌肥料、無機磷細菌肥料)；從其構成來看可分為：單純生物肥，基本無營養元素，以微生物生命活動產物改良作物的營養條件，激活土壤的潛在肥力，刺激作物的生長。發育，抵抗作物病蟲害，從而提高作物產量和品質。因而單純的生物肥料不能單施，須與泓通有機肥配合使用，才能充分發揮其效用。

微生物肥料是一種活菌產品，其有效性與其真菌活性和使用量直接相關。

(1)核心物質是指具有特定品種的有效活微生物。任意一種產品的有效活菌數都有明確規定。當有效活菌數下降到一定數量時，其功能沒有了。

(2)微生物肥料從生產到使用，要注意產品中微生物適宜的環境，主要包括含水量、酸堿度、溫度、載體中殘糖含量、包裝材料等。

(3)微生物肥料作為活菌制劑存在有有效期問題。這類產品剛生產時，活菌含量較高，但隨著貯存時間的變化和運輸、貯存條件的不同，產品中有效微生物的數量逐漸減少，減少到一定數量時，其有效作用無法表現出來。因此，規定產品的有效期和正確使用意義重大。

(4)微生物肥料施入合適作物和適宜區域是確定其有效作用的重要一點。提倡有針對性地培育生產菌種，如針對堿性土壤、酸性土壤的菌種，或針對特定作物的菌種。另外要注意應用技術，也要看產品是否有市場準入證。