根瘤菌肥料根瘤菌能與豆科植物共生、結瘤和固氮。用這種菌產生的微生物肥料被稱為根瘤菌肥料。

固氮菌肥料自生固氮菌不與植物共存，沒有寄主選擇，獨自生存在土壤中，能將空氣中的游離分子氮固定下來，轉化為植物可以利用的化合氮素。自生固氮菌和固體氮統稱為自養固氮微生物；這種細菌產生的肥料被稱為固氮菌肥。

磷細菌肥磷細菌能分解土壤和有機物中的有機磷化合物或轉化土壤中的難溶性磷酸鹽。這種菌產生的肥料叫做磷細菌肥料。如磷細菌、解磷真菌、菌根菌劑等。磷酸鹽菌肥能分解土壤中的含鉀的磷酸鹽和磷灰石，如云母、長石等，并釋放出鉀，如磷酸鹽細菌其他解鹽微生物制劑。

鉀細菌肥料鉀細菌又稱“硅酸鹽細菌”，能強烈分解土壤中硅酸鹽中的鉀，轉化為可供作物利用的有效鉀。此外，它還具有分解土壤中難溶性磷的能力。這種菌產生的微生物肥料成為鉀細菌肥料。

復合微生物肥料利用兩種或兩種以上的微生物肥料，稱為復合微生物肥料。此外，根據產品中添加的有機肥、無機肥、微量元素肥、植物生長刺激素等其他物質，又可以區分為有機生物肥,有機-無機復合生物肥等