與傳統(tǒng)的化肥和農(nóng)藥相比，微生物肥料有很大的優(yōu)勢(shì)。它能有效地改良土壤肥力，增加化肥和能源的利用率。同時(shí)，微生物肥料在綠色有機(jī)食品生產(chǎn)、農(nóng)業(yè)生態(tài)環(huán)境保護(hù)和高產(chǎn)的可持續(xù)發(fā)展中發(fā)揮著重要作用。

改良作物質(zhì)量，提高作物產(chǎn)量

微生物肥料促進(jìn)植物生長(zhǎng)的機(jī)理是產(chǎn)生生長(zhǎng)素、控制病原菌、根際固氮和分解難溶性磷、鉀元素等。

減少了生產(chǎn)成本。

微生物肥料之所以能減少生產(chǎn)成本，是因?yàn)樗茉黾油寥乐械挠行юB(yǎng)分，所以所需量并不大，而微生物生產(chǎn)過(guò)程耗能更少。同時(shí)，由于土壤元素利用率的提高，化肥的施用量會(huì)減少。這些因素的綜合作用是減少生產(chǎn)成本。

減少了環(huán)境污染。

微生物本身一般是無(wú)害的，不會(huì)污染環(huán)境。同時(shí)，施用生物肥料，如固氮類(lèi)生物肥料，不但可以適當(dāng)減少化肥的施用量，而且固定的氮可以直接儲(chǔ)存在生物體內(nèi)。相對(duì)來(lái)說(shuō)，環(huán)境污染的幾率要小很多。

有效利用了大氣中的氮或土壤中的養(yǎng)分資源。

如何將土壤中無(wú)效態(tài)磷、鉀轉(zhuǎn)化為可被作物吸收利用的有效養(yǎng)分，微生物肥料的應(yīng)用無(wú)疑為這一問(wèn)題提供了很好的解決方案。比如我們所知道的各種固氮微生物，都可能在其中發(fā)揮重要作用。

可以在部分程度上改良土壤的理化性質(zhì)。

化肥使用量減少，減少了其對(duì)土壤養(yǎng)分、結(jié)構(gòu)等方面不利影響。又減少土壤養(yǎng)分流失和富營(yíng)養(yǎng)化產(chǎn)生。