土壤板結和藥物危害(土壤中農藥殘留嚴重)，引起農作物各種病害。如果土壤富含有機質，這些危害可以減少甚至避免。我們都知道生物肥料中的活性菌很重要。其中菌的活性非常重要。

當然，考慮到微生物菌肥的主要成分是生物活性菌，使用過程中禁止以下操作。

1.不要與殺菌劑混合。

2.紫外線可以殺滅微生物菌肥中的生物活性菌。

3.與化肥混合化肥用量不宜過大。高濃度化學物質對菌肥里的微生物有破壞作用。

4.注意溫度過高、過低、干旱的條件下不建議施用生物菌肥，會影響菌肥的活性。

5.注意不要沖施生物菌肥，因為水會分散菌群，影響菌肥料的效果。

6.菌肥中菌存活的條件是有機質。有機質通常被稱為生物菌肥的載體。換句話說，有機質是生物細菌賴以生存的食物，所以記得補充土壤有機質。