微生物肥料是俗稱的生物肥料。它通過產品中的功能微生物發揮作用。地表的巖石經過物理風化、化學風化和生物風化，逐漸形成土壤。有機質和微生物進入其中后，土壤形成過程加快。微生物的生長和繁殖需要養分。以無機物為食物的微生物生長很慢，對土壤形成過程的影響也比較慢。以有機物為食物的微生物生長繁殖很快，可以迅速形成大量的菌體和代謝產物。有的還能在土壤風化過程中發揮作用，使土壤具有保水、保氣、保肥、保溫的功能。這些以有機物為食物的微生物，在用有機物的過程中，也講有機物分解成小分子。增加土壤肥力和保水、保氣、保肥、保溫的功能，大大提高了農田的土壤質量。

施入土壤的微生物在分解土壤有機物的同時，還分泌一些代謝產物，如有機酸、多糖等。這些物質可以增加無機礦物質的溶解度，便于植物吸收。這些物質可以活化土壤中被固定的化肥中的磷和微量元素，供植物吸收，如鉀細菌、磷細菌等。具有固氮功能的微生物可以利用空氣中的氮氣合成空氣中農作物所需的氨，供農作物合成氨基酸、含氮生物活性物質

微生物肥料應用于農田的作用是多方面的。由于微生物肥料的使用，微生物大量繁殖，影響和制約了病原微生物的繁殖。長期連續使用微生物肥料可以減少農田病害。某些微生物中的某些細菌能分泌物質，控制病原微生物的生長，減少農田病害，并能節約農藥使用成本。

微生物是土壤中活躍的成分。它們主要依靠土壤有機質作為生存的糧食，它們這樣做是為了增加土壤肥力的工作。沒有微生物，只有有機物質被添加到土壤中，土壤肥力無法提高。