生物有機肥的特殊作用是通過具有特殊功能微生物菌種的“特殊功能”來實現的，而這種特殊功能主要表現在以下幾個方面：促進植物生長、提高植物防病抗病能力、提高肥料利用率、提高植物抵抗力、修復土壤、降解農藥。

一，提高植物防病抗病的能力，在病原菌中主要有三種作用方式：1。拮抗作用。拮抗物質直接控制病原菌的生長。2.競爭效應。從營養吸收利用方面控制致病菌的生長。一般這種菌種生長很快。3.寄生效應。以病原菌為寄生，直接寄生在病原菌身上導致病原死亡。這三種防病方法往往是交叉的。

二，在目前的生物有機肥市場上，肥料利用率的提高已得到宣傳，主要是固氮、解鉀和活磷。固氮作用主要有三類：1共生固氮 2.自生固氮。3.聯合固氮。

三，保水抗旱、修復土壤、降解農藥等功能。對這類生物有機肥功能的宣傳相對較少，主要是經銷商和農民對這一功能的關注度較低，廠家通過宣傳這類功能來吸引消費者可能性小，所以市場上看到的并不多。

通過以上分析可以看出，生物有機肥的特殊功能主要集中在三個方面：促進植物生長，提高植物防病抗病能力，提高肥料利用率。