微量元素肥料施用有其特殊性，如果施用不當，不僅不能增產，甚至會使作物受到損害。為提高肥效，削減損害，施用時應留意如下事項。
1、操控用肥量濃度、力求施用均勻：作物需求微量元素的數量很少，許多微量元素從缺少到 適量的濃度范圍很窄，因此，施用微量元素肥料要嚴格操控用量，避免濃度過大，施用須留意均勻。也可將微量元素肥料拌混到有機肥中施用。
2．針對土壤中微量元素情況而施用：不同的土壤類型，不同質地的土壤微量元素的有效性及含量不同，其施用微量元素肥料的作用 不一樣 。一般來說在北方的石灰性土 壤 上，土壤中鐵、鋅、錳、硼的有效性低，易出現缺少。而南方的酸性土壤 鉬 的有效性低，因此施用微肥時應針對土壤中微量元素情況合理施用。
3、留意各種作物對微量元素的反映挑選施用：各種作物對不同的微量元素有不同的反映，靈敏程度不同，需求量也不同，施用作用有顯著差異。如北方培養果樹對鐵鋅硼等靈敏，玉米施鋅肥作用較好，油菜、棉花等對硼靈敏，禾本科作物對錳靈敏，豆科作物對 鉬 、硼靈敏，所以，要針對不同作物對不同微量元素的靈敏程度和肥效，合理挑選和施用。
4．留意改進土壤環境：土壤微量元素供應不足，往往是因為土壤環境條件的影響。土壤的酸堿性是影響微量元素有效性的要素，其它還有土壤質地、土壤水分多少、土壤氧化還原情況等要素。為解決微量元素缺少問題，在補充微量元素營養的一起，留意改進土壤環境條件，如酸性土壤施用有機肥料或施用適量石灰等措施調理土壤酸堿性，改進土壤微量元素營養情況。
5．留意與大量元素肥料、有機肥料配合施用：只有在滿足了作物對大量元素氮、磷、鉀等需求的前提下，微量元素肥料才能表現出增產作用。有機肥料含有多種微量元素，把有機肥料作為維持土壤微量元素肥力的一個重要營養補給源，不可忽視。