習慣與化學農藥混合降低活性。

微生物肥料含有活菌成分。微生物肥料如果混有殺菌劑，放置時間長，容易影響細菌的活性，導致部分細菌消失。

重視使用，輕視用量，用量不足，效果打折扣。

使用微生物肥料產品可以達到很好的效果，前提是用量足夠。土壤中的微生物種類繁多，數量大。為了形成優勢菌群，接種的外來有益菌需要經過環境的考驗和土壤中原有微生物的競爭。為了促進有益菌的繁殖，需要人為地創造有利于有益菌生長的條件，如改良酸化的土壤，調節土壤的pH值等。施用有機肥，提高土壤物理肥力；增加微生物細菌的數量等。

使用方法待改進，使用期掌握不當，錯過好的施肥期。

微生物肥料的使用方式多種多樣，液體微生物菌劑可用于拌種、浸種、噴施、浸根、灌根。固體菌劑可用于拌種、浸根、混播、混施，不同施用方法對效果有一定影響。應避免在土壤表面噴灑和在高溫強光下噴灑。在做底肥、溝施、穴施、灌根時，局部施肥有利于發揮肥效。與未處理的畜禽糞便混合時，分解過程中的高溫會影響菌劑的活性和數量。建議對畜禽糞便進行腐熟處理。為了充分發揮微生物肥料的作用，避免使用單一方法，建議根據菌株的特性將上述方法結合起來使用。