(1)有機肥含有大量有機質，具有明顯的土壤改良和施肥作用；化肥只能為作物提供無機養分，長期施用會對土壤造成不良影響，使土壤“越來越饞”。

(2)有機肥含有多種養分，有機肥所含養分均衡；而化肥所含養分種類單一，長期施用容易導致土壤和食物中養分的不平衡。

(3)有機肥養分含量低，需要大量施用，而化肥養分含量高，施用量低。

(4)有機肥肥效時間長；化肥肥效期短而猛，容易造成養分流失和環境污染。

(5)有機肥來源于大自然，肥料中沒有化學合成物質。長期施用可以提高農產品的品質；化肥是化學合成物質，施用不當會降低農產品品質。

(6)在生產加工過程中，有機肥充分腐熟，就能提高作物的抗旱、抗病、抗蟲能力，減少農藥用量。長期施用化肥，往往需要大量的化學農藥來維持作物生長，容易導致食物中有害物質的增加。

(7)有機肥含有有益微生物，能促進土壤中的生物轉化過程，有助于持續提高土壤肥力；長期施用化肥會控制土壤微生物的活動，導致土壤自我調節能力下降。