土壤分酸堿，有機菌肥也有pH值，菌分真菌和細菌。中性和微酸性土壤應施用細菌有機菌肥。堿性土壤宜施用絲狀微生物的真菌有機菌肥，既能固定空氣中的氮，又能幫助果樹利用其他狀態存在的氮營養。

其實土壤中有很多微生物，數量也非常多。它們大多對作物的生長發育、土壤的團粒結構和物質循環有很大的影響。還能分解有機物和礦物質，釋放營養元素供作物吸收利用。酸性土壤施堿性有機菌肥，酸堿中和降低了肥效，也損傷了菌種。有些菌是好氧菌，如放線菌、霉菌，施于透氣性差的板結土壤中，菌種本身都難以存活，更不用說發酵繁殖了。

菌肥中菌的生存條件是有機質。而80%以上的果園都在施用無機肥料，土壤板結，通風不良，導致大量厭氧菌，如鐮刀菌等。更有甚者，有機肥的缺乏損壞了土壤的團粒結構，降低了土壤保肥保水的能力。果農使用的商品有機肥一般每畝40公斤左右，有機質很快分解利用。有機肥中的菌種沒有其生存條件就無法繁殖存活，大部分消失。這是果農在施用商品有機肥中發現的道理，厚土施有機肥有效果，薄土施有機肥沒效果。

果園多年不施有機肥，淺施無機肥，導致土壤板結，儲氧差，根系生長緩慢。土壤的pH值會發生變化。除草劑在土壤中的殘留直接損壞了土壤的團粒結構，消滅了土壤中的微生物。果園施用有機菌肥后，微生物被殘留的除草劑等物質消滅，土壤中沒有足夠的微生物使菌肥發酵繁殖形成有效菌群，阻礙了肥效的發揮。果園正確選擇除草劑，應能除草并在土壤中短時間殘留，對土壤微生物和土壤團粒結構沒有太大損壞。注意施用有機肥，改良土壤3 ~ 5年。

農戶對這種新肥料一無所知。正確看待區域代理商和廠家的夸大宣傳，有的甚至用顯微鏡忽悠群眾，不告知自己的菌肥是什么種類的細菌，起什么作用，在什么條件下如何施用。

每種有機菌肥都有自己的特性和功能。比如球形芽孢桿菌是一種細菌殺蟲菌，EM菌對重菌有抗性，乳狀芽孢桿菌是一種長效細菌殺蟲菌。枯草芽孢桿菌是一種細菌，能有效防治根系周圍的細菌，保護作物不受侵害。