1、提高化肥利用率。

隨著化肥的大量使用，其利用率不斷降低是眾所周知的事實。這說明僅僅靠大量施用化肥來提高作物產量是有限的，更不用說環境污染等一系列問題了。根據作物類型和土壤條件，施用微生物肥料配合化肥，既能保證增產，又能減少化肥用量，降低成本，同時還能改良土壤和作物質量，減少污染。

2.微生物肥料在環境保護中的作用

利用微生物的特定功能，將城市固體廢棄物和農業廢棄物進行分解發酵，制成微生物肥料，是一種經濟、可行、有效的途徑。目前主要采用兩種方法。一種是以大量的城市固體廢棄物為原料，通過工廠直接加工成微生物有機復合肥。二是將工廠生產的專用微生物肥料(接種劑)供應到堆肥廠(場)，然后將各種農畜物料堆積起來，加快發酵進程，縮短堆肥周期，提高堆肥質量和腐熟度。此外，微生物肥料被用作土壤凈化劑。

3.土壤改良

肥料中的有益微生物能產生糖類，占土壤有機質的0.1%。它們與植物粘液、礦物胚和有機膠體結合，可以改良土壤團粒結構，增強土壤物理性質，減少土壤顆粒流失。在某些條件下，它們也能參與腐殖質的形成。因此，施用微生物肥料可以改良土壤的物理性質，有助于提高土壤肥力。