1:氮磷鉀總含量超過8%時，與菌混合會壓制菌的活性。菌與化肥混合使用時，要注意肥料中氮、磷、鉀的總養分不能超過8%。一旦超過，菌的活性就會受到壓制。如果氮磷鉀總養分大于8%，建議混合使用。目前一些廠家的復合微生物肥料中氮、磷、鉀總養分達到10%以上，有的甚至達到25%以上，會降低細菌的活性，對一般菌株甚至會造成部分死亡。但如果廠家選擇耐肥菌株，可以保證菌的肥效。

2:不要將菌肥與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑、含硫肥料(如硫酸鉀)、稻草灰混合使用。因為這些肥料，很容易消滅生物細菌。或者先施菌肥，48小時后再爭取除草。拌種時，禁止與已混有殺菌劑的種子混合使用。還應防止與未成熟的農家肥混合。

3:對于多年施用化肥的田地，施用生物菌肥時不能大幅度減少化肥和有機肥的施用量。因為農作物對化肥的依賴，用生物菌肥代替化肥一下子適應不了。因此，一年、二年和三年，其替代量應分別為30%、40%和60%。磷鉀肥只能補，不能減。

4:施用方式上，推薦采用溝施和窩施。菌肥要蓋在土里，避免陽光直射，紫外線會消滅細菌；另外，不建議沖施微生物肥料，因為用水稀釋后細菌會分散，影響施用后的效果。對于含硫量較高的土壤和銹跡斑斑的水田，不宜施生物菌肥，因為硫能消滅生物細菌。對于翻漿的水田，一般不用撒施，但噴霧的效果會更好。

5:不建議在過高、過低和干旱的條件下，不建議對作物田地施用微生物肥料。