1.購買生物菌肥時，注意生產日期，不要使用過期產品，一般超過生產日期一年的生物菌肥活性會明顯降低。

2.生物菌肥宜與全腐熟有機肥混合使用，效果比單一肥料好很多。比單獨施用有機肥和生物菌肥效果好。

3.生物菌肥開袋后不宜長期使用，應密封保存，以免菌種流失。打開包長期不使用，其他細菌可能會侵入袋子，改變肥料中的微生物菌群變化，影響其使用效果。

4.微生物肥料不應與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑同時使用，更不應使用。生物肥后在進行土壤消毒。

5.生物菌肥對陽光中的紫外線很敏感，不宜撒在地表。它可以用于
在陰天或清晨和傍晚施入土壤中。

6.生物肥適宜的土壤水分在60%左右，注意不要過度干燥。生物肥施入土壤后，有一個菌群繁殖和生長的過程。因此，在在果樹根系開始生長前使用。

7.生物菌肥應避免與未腐熟的農家肥混合。將未成熟的農家肥施于地面會二次發酵溫度升高，高溫會消滅菌肥微生物，影響微生物菌株的活性和發揮