“微生物肥料”，俗稱菌肥，字面意思是含有有益微生物群落的肥料。它屬于一種活體肥料，主要是通過它所含的大量有益微生物的生命來實現菌肥的功能。

“有機肥”也就是俗稱的農家肥。農家肥的主要來源是動物和植物，它們為作物提供多種 肽類，包括氮、磷和鉀。增加土壤有機質，促進微生物繁殖。

從菌肥和有機肥的作用機理來說。菌肥實際上是一組微生物群落，可以為特定的作物提供有利于作物生長的微生物群落。，微生物肥料并不直接為作物提供養分，菌肥是通過微生物的生命活動為作物增加養分以促進生長。以多孢菌的解磷作用為例，多孢菌產生有機酸(氨基酸、草酸、富馬酸等。)通過代謝活動。這些酸不僅能直接溶解土壤中的不溶性磷酸鹽，還能從不溶性無機磷灰石中釋放出正磷酸鹽。有機肥直接給農作物提供養分。有機肥通過在土壤中的不斷礦化，可以長期為作物提供多種養分和活性物質，特別是有機質中豐富的碳源可以促進植物的生長。

功能上看一下菌肥和有機肥的區別。肥料有四個主要作用，包括增加土壤肥力，控制有害微生物，促進植物生長，改良作物品質。以多孢菌為例。這四種作用是：1)多孢菌進入土壤后，能分解固化的無機鹽，使之成為植物可以吸收利用的養分，從而降低含鹽量，緩解土壤鹽漬化，促進土壤團粒結構的形成，提高土壤的保水保肥能力，凈化土壤，從而增加土壤肥力；2)多孢菌在生長過程中能代謝和分泌細菌素(枯草桿菌蛋白酶、多粘菌素、幾丁質等。)、脂肽類化合物、有機酸等。這些代謝產物能有效控制病原菌的生長或溶解病原菌，從而將其消滅，對連作有較高的抗性；3)在適宜的培養條件下，多孢菌菌株產生的具有促進作物生長功能的活性物質包括赤霉素、吲哚乙酸等。促進作物生長和繁殖。

有機肥的作用在于營養均衡，肥效持久穩定。有機肥可以活化土壤酶，促進根系發育。有機肥還能為土壤微生物活動提供能量和養分，促進微生物活動，加速有機質分解，產生能促進作物生長和提高農產品品質的活性物質。