增加土壤肥力。微生物肥料可以分解土壤中原本結(jié)合固定但不能被作物吸收的磷、鉀養(yǎng)分，從而活化土壤中的磷、鉀養(yǎng)分，增加土壤有機(jī)質(zhì)含量，促進(jìn)土壤團(tuán)粒結(jié)構(gòu)的形成，減少土壤板結(jié)，從而使作物根系發(fā)達(dá)，增強(qiáng)活力。

許多用作微生物肥料的微生物能產(chǎn)生植物激素，刺激和調(diào)節(jié)作物生長，使植物茁壯成長，改良營養(yǎng)狀況。比如氨基酸葉面肥，生物發(fā)酵的氨基酸葉面肥，含有氨基酸，主要是酶解和生物降解的蛋白質(zhì)。在這個(gè)過程中，出現(xiàn)了一些新的物質(zhì)，植物中的源激素和生化產(chǎn)物，這些物質(zhì)雖然含量不多，但具有很大的生理活性。它們能刺激作物的生長發(fā)育，促進(jìn)酶的活性，增強(qiáng)抗病、抗逆的作用，對生根、促長、保花、保果等生理過程有一定的作用。

在有害微生物的生物防治中發(fā)揮作用。肥料中的有益微生物生長繁殖，在作物根際土壤微生態(tài)系統(tǒng)中形成優(yōu)勢種群，限制了其他病原微生物的生長繁殖機(jī)會，有的具有拮抗病原微生物的功能，起到了緩解作物病害的作用。

增加作物產(chǎn)量，提高產(chǎn)品質(zhì)量。微生物肥料可以增加農(nóng)產(chǎn)品的有效營養(yǎng)成分