1.增加營養(yǎng)

固定空氣中的氮，分解和轉(zhuǎn)化土壤中未被作物利用的養(yǎng)分這是微生物肥料的主要功能之一。例如各種自生的、聯(lián)合的或共生的固氮微生物可以增加土壤中的氮素含量；能夠溶解多種磷和解鉀的微生物，它可以分解土壤中不溶性的磷和鉀，轉(zhuǎn)化為作物可以吸收利用的養(yǎng)分為作物生長和發(fā)育提供營養(yǎng)。

2.土壤中的有機物不斷分解轉(zhuǎn)化。形成腐殖質(zhì)，促進(jìn)土壤團聚體的形成。有些微生物還能產(chǎn)生胞外多聚物，如胞外多糖和多肽，與植物粘液、礦物質(zhì)和有機膠體結(jié)合。在一起使小團聚集體聚合在一起形成大聚集體。土壤團聚體是土壤的一種量度質(zhì)量的重要指標(biāo)，促進(jìn)土壤團聚體的形成，打破土壤板結(jié)，改變改善土壤通風(fēng)，提高土壤儲肥保水能力，提高作物抗旱能力，對提高肥料利用率，增強作物抗逆性有重要作用。

3.促進(jìn)生長

微生物肥料施用后能使作物生長發(fā)育，增強作物體內(nèi)酶的活性，促進(jìn)健壯生長，提高抗逆性。對作物的生根、促長、保花、保果等生理過程有一定的影響。

4.減少病害

許多土傳病害的病原菌聚集在作物根際，施用微生物肥料之后，有益微生物在作物根際周圍生長繁殖，成為優(yōu)勢微生物種群占據(jù)根區(qū)生態(tài)位，能有效控制病原菌的增加。一些功能微生物可以在作物根系的分生區(qū)和伸長區(qū)大量定殖和形成生物膜，從而防止病原菌侵染根部。一些微生物也可以提高作物抗病能力，減少病害的發(fā)生。

5.提高質(zhì)量

施用微生物肥料后，減少了化肥用量，提高了作物的抗病能力。能力，從而減少化肥和農(nóng)藥的土壤面源污染、地下水污染、減少作物中低有害物質(zhì)的積累提高了農(nóng)產(chǎn)品的質(zhì)量，同時可增加產(chǎn)品中維生素C、糖和氨基酸的含量，改善口感和耐存儲容量得到增強。