以發酵有機肥為載體，添加功能菌，加工成生物有機肥。生物有機肥料是指一種含有有益于作物生長的發酵微生物的特定有機肥料。既有微生物肥料的作用，又有有機肥的作用。當應用于農業生產時，可以獲得特定的肥料益。生物有機肥料中添加的微生物肥料也有很多種，根據其成品中特定微生物的種類可以分為放線菌類，和真菌類；根據其作用機理，可分為根瘤菌類、固氮菌、解磷菌、解鉀真菌類；根據有機肥中添加的微生物種類的數量，可分為單一生物有機肥料與有機無機復混生物有機肥。
生物有機肥的作用：

由于微生物種類不同，發揮的作用也不同?？偨Y它具有以下功能：

(1)固氮作用，如根瘤和固氮菌，在適宜的環境條件下可以固化空氣中的氮，為作物生長提供氮素營養。

（2）養分釋放微生物去除土壤中一些難以被作物吸收利用的物質分解成作物可以吸收利用的有效營養物質。

（3）促生作用土壤施用微生物肥料后，不僅增加了土壤中的養分含量，促進了多種維生素、酶和其他有益于作物生長的物質的合成，幫助作物吸收養分。

(4)一些微生物接種到具有抗病性的土壤中后，在作物根部大量繁殖。在一段時間內，它成為作物根際的優勢菌，控制或減少病原微生物的繁殖。一些微生物也會對病原微生物產生抵抗作用。雖然微生物肥料能為作物生長提供養分并使作物生長，但是畢竟它的作用還是有限的，作物生產主要靠有機肥提供作物生長所需的養分。

（5）自然界中的許多原料都含有許多有益的微生物，但是一旦這些原料被應用進入土壤，里面的微生物就會被土壤中無數的微生物吃掉。因此，不能在土壤中穩定生存，其效果難以顯現。然而，如果先加入有益菌添加到發酵的有機肥中，有機肥本身就是一種擴大的培養基。這時，微生物有機肥料被施入土壤，很快在土壤形成優勢種群，可以很好的發揮作物根系的作用。發酵有機肥對發揮微生物活性具有很好的作用。