1.提供完整且相對協調的營養。

有機肥料中都含有作物生長所需的養分和有益元素。此外，他們主要元素量比例均勻，有利于作物吸收利用。因此，某些營養元素的比例失調不會因為大量增加有機肥的施用而失衡，破壞土壤營養平衡，造成肥力下降等負面影響。相反，有機肥施用越多，土壤營養元素越平衡，越有利于作物吸收和利用養分。

2.促進土壤微生物的生長和作物的吸收利用。有機肥含有大量的有機質，是各種微生物生長繁殖的場所。有機肥料的有機質在分解過程中，還能產生各種酚、維生素、酶、生長素，促進作物根系的生長和養分的吸收。

3.增加土壤替代量，提高作物保肥能力。所有有機肥料都有很強的陽離子替代能力，能吸收更多的鉀、銨、鎂，鋅等營養元素可以防止淋失，提高土壤肥力，特別是一些腐植質酸類有機肥效果更明顯。此外，有機肥料還具有很強的緩沖能力，可以防止長期施用化肥引起的酸度變化影響作物生長，提高土壤本身的抗逆性，保證作物生長，保證土壤生態環境良好。

4.減少養分固定，提高養分利用率。有機肥含有多種有機酸、腐殖酸等羥基物質，都具有很強的螯合能力，能與多種金屬元素螯合形成螯合物，防止土壤固定這些營養元素而失效。如有機肥與磷肥、有機肥的混合使用，有機肥中有機酸等螯合物能螯合土壤中高活性的鋁離子，并能阻止鋁磷結合形成農作物難以吸收的閉蓄態磷，從而大大改良土壤有效磷含量。

5.加速土壤團聚體的形成，改善土壤的物理性質。有機肥施入土壤后，分解過程中的有機膠體物質能與土壤中的無機膠體物質結合。形成不同粒徑的有機-無機團聚體。有機無機團聚體是土壤肥料的重要指標。含的越多，土壤的物理性質越好，保土、保水、保肥能力越強，通氣性能越好，作物根系越發達。

6.增加作物產量，提高農產品質量。在營養元素相同的情況下，有機肥與化肥相比。用作基肥時，有機肥比化肥好。作為追肥施用時，全腐熟有機肥的效果往往好于化肥。尤其是提高農產品質量比化肥更有利。有機肥含有大量植物所需的養分，對植物的養分供應相對溫和長久，后效長。有機肥也含有各種微量元素。因為有機肥中的各種營養元素比較齊全，而且這些物質完全是無毒無害的天然物質，這是一個高產的好辦法，為綠色食品提供了所需條件。有機肥在土壤中分解轉化成各種腐殖酸物質。它能促進植物體內的酶活性、物質合成、運輸和積累。腐殖酸是一種高分子物質，陽離子取代度高，絡合吸附性能好，對重金屬離子有很好的絡合吸附效果，能有效減輕重金屬離子毒害作物，阻止它們進入植物體內。這對生產無公害、衛生的綠色食品有利。