1.增加產量。實踐證明，微生物肥料中的肥效為作物提供養分，而且其有效菌還能分泌赤霉素、生長素等活性物質，刺激、調節和促進作物的生長發育，有利于作物增產。

2.提高質量。微生物肥料能有效提高農產品的品質。實踐證明，施用微生物肥料收獲的農產品蛋白質、糖、維生素、氨基酸等有益成分含量顯著增加，谷物和水果飽滿光滑，果實色澤鮮艷，口感好，價值高。一些微生物肥料產品也可以減少硝酸鹽的積累

3.增強作物的抗逆性。多種活性酶功能，能控制或殺滅病原菌，減少病害的發生，增強作物的抗逆性，能增強作物的抗旱性、抗寒、抗倒伏、防病、抗鹽堿，能有效防止作物生理病害的發生。

4.提高化肥利用率。大多數微生物有效菌能分解土壤中的有機質，有機質分解過程中產生腐植酸，腐植酸與土壤中的氮形成腐植酸銨，可以減少氮肥的流失。解鉀溶磷有效菌可將土壤中固化的化學鉀肥和化學磷肥分解轉化為有效鉀和有效磷，提高其利用率，減少生產投資，減少環境污染

5.提高土壤養分。有效菌能促進土壤中不溶性養分的溶解和釋放，提高土壤養分供應能力。有效菌分泌的胞外多糖是土壤團粒結構的粘合劑，可以強化土壤團粒結構，疏松土壤，提高土壤滲透性和保水保肥能力，增加土壤有機質。